その昔、神功皇后が三韓出兵からお帰りの際、瀬戸の海上で激しい嵐に出会いました。 　沈みそうになる船の中で神に祈りを捧げると、お告げがありました。
「船の苫（とま）を海に投げ、その流れのままに船を進めよ。」その通りに船を進めると、ひとつの島にたどり着く事が出来ました。
その島が、友ヶ島です。その島には、少彦名命と大己貴命が祭られていて、皇后さまは助けてくれたお礼の気持ちを込めて、持ち帰ってきた宝物をお供えになりました。
その後、何年か経ち、神功皇后の孫にあたられる仁徳天皇が友ヶ島に狩りに来られ、いきさつをお聞きになりました。
そこで、島では何かとご不自由であろうと、お社を対岸の加太に移され、ご社殿をお建てになったのが、加太淡嶋神社の起こりとされています。
ご祭神の少彦名命は、医薬の神様。 　特に、女性の病気回復や安産･子授けなどに霊験あらたかといわれています。
なお夫婦で来ると別れるという噂がありますが、子授けや安産祈願は夫婦で参拝する方がご利益があるとのことです。カップルの場合は定かではございません。